Los gobiernos de Brasil y Uruguay están trabajando juntos para desarrollar la Hidrovía Uruguay-Brasil, que incluye la Laguna de los Patos, el canal San Gonzalo y la Laguna Merín. Esta iniciativa busca revitalizar una ruta de transporte que, hasta 1940, era fundamental para el comercio entre ambos países. En aquel entonces, el pueblo de San Luis al Medio en Uruguay y la ciudad brasileña de Santa Victoria do Palmar funcionaban como puertos activos, desde donde se exportaban grandes cargamentos de charque hacia Cuba. Sin embargo, en la década de 1950, Brasil optó por el transporte por carretera, argumentando que los camiones eran más eficientes. Hoy, esa tendencia está cambiando. El transporte fluvial se ha vuelto más atractivo, ya que es más económico y menos contaminante. Por ejemplo, un tren de barcazas de 90 a 100 metros puede transportar más mercancías que un centenar de camiones de 25 toneladas.
La Hidrovía Uruguay-Brasil, que abarca aproximadamente 800 kilómetros, facilitará el comercio entre ambos países. Un tren de barcazas que sale de Uruguay con productos de Cerro Largo, Treinta y Tres y parte de Tacuarembó solo necesita recorrer 200 kilómetros hasta llegar al puerto brasileño de Río Grande, en comparación con los más de 400 kilómetros que requeriría el transporte terrestre hasta Montevideo.
Además de ser más económico, el transporte fluvial reduce el uso de combustibles fósiles y disminuye el riesgo de accidentes en las carreteras, lo que lo convierte en una opción más segura. El embajador uruguayo en Brasil, Guillermo Valles, estima que, una vez dragado el canal San Gonzalo, se podrán mover hasta cuatro millones de toneladas de carga anualmente hacia el puerto de Río Grande, que ya maneja más carga que el puerto de Montevideo. La Hidrovía también tiene el potencial de transformar la agricultura en la región. Un millón de hectáreas de tierras en el norte de Treinta y Tres, Cerro Largo y parte de Tacuarembó, actualmente dedicadas a la ganadería y la forestación, podrían ser reconfiguradas para cultivar sorgo, maíz y trigo, facilitando así su exportación a través de la Laguna Merín.
La prioridad actual de la Embajada de Uruguay en Brasil es el ensanchamiento de la Laguna Merín y la Laguna de los Patos. El canal San Gonzalo, que actualmente tiene una profundidad de 5 metros, necesita ser dragado en ciertos tramos para permitir la navegación de barcazas de poco calado. Recientemente, Brasil abrió una licitación para el dragado del canal San Gonzalo, con un costo estimado entre 8 y 10 millones de dólares. Tras varios intentos fallidos, el gobierno brasileño ha adjudicado las obras a un consorcio. Además, se están estructurando contratos de concesión para varias hidrovías, incluyendo la Brasil-Uruguay. En Uruguay, también se está desarrollando un proyecto para un puerto granelero y multipropósito en el río Tacuarí, cerca de la Laguna Merín. Este proyecto, presentado en 2012 por el empresario Carlos Foderé, requiere una inversión inicial de 30 millones de dólares, aunque su construcción depende del dragado del canal San Gonzalo.
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